2024年2月8日发(作者：format)

惊，完全不同的两个结论居然都发表了

也不知道怎么搜索文献就发现了这个有意思的现象：

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2017的文章，标题就《Neutrophils dominate the immune

cell composition in non-small cell lung cancer》，链接是：/articles/ncomms14381

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2019的文章，标题是《Immune Cell Composition in Human

Cell Lung Cancer》，链接是：Non-small

/articles/10.3389/fimmu.2018.03101/full ，很明确的提到了T Cells Dominate the Immune Cell

Composition in NSCLC

是我对 dominate 这个单词的理解不过关吗？说某个免疫细胞亚群在肿瘤微环境里面是 dominate ，并不是说它的比例最高？所以在非小细胞肺癌里面，到底是中性粒细胞呢还是T细胞这样的免疫细胞亚群是dominate

学徒作业

搜索肺癌相关的单细胞文献，比如下面的：

研究背景：

肺癌是目前全球最常见的恶性肿瘤。随着发病率的逐渐升高，肺癌已成为癌症死亡的主要原因。肺癌所表现出的高度异质性使其具有极强的适应能力，这无疑限制了靶向治疗等个体化疗法的成功。但到目前为止，研究人员对于异质性的理解主要局限于癌细胞以及基因组变异对肺癌发生和发展的影响，然而与肿瘤相关的基质细胞以及它们构建形成的肿瘤微环境是一个复杂的细胞生态系统，这种异质性的程度如何产生及治疗后肿瘤和微环境的进化过程仍未完全了解。·

2015 肺腺癌细胞系的单细胞分析揭示分子靶标药物治疗引起的单个细胞的多种表达方式

/25887790/

文献基本信息

文章标题：Single-cell analysis of lung adenocarcinoma cell

lines reveals diverse expression patterns of individual cells

invoked by a molecular target drug treatment.

期刊：Genome Biol

影响因子：10.806

PMID: 25887790

发表时间：2015

作者： 东京大学前沿科学研究所计算生物学系 Yutaka Suzuki等

分析了来自七个细胞系的总共336个单细胞RNA-Seq文库。

对多酪氨酸激酶抑制剂vandetanib处理的单个细胞的分析显示，尽管核糖体基因和许多其他所谓的持家基因会降低药物治疗期间的相对表达多样性，但vandetanib直接靶向的基因EGFR和RET基因保持恒定。

这些基因的刚性转录控制可能不允许其在药物治疗中或在细胞获得抗药性期间的表达发生塑性变化。此外, 与癌症相关的基因的基因表达模式有时比基于基础细胞的预期的表达更多样化。

2015 单细胞mRNA测序鉴定肺腺癌细胞抗癌药物反应中的亚克隆异质性

/26084335/

文献基本信息

文章标题: Single-cell mRNA sequencing identifies subclonal heterogeneity in anti-cancer drug responses of lung adenocarcinoma cells.

期刊：Genome Biol

影响因子：10.806

PMID: 26084335

发表时间：2015

作者： 三星健康科学技术研究院健康科学与技术系 Woong-Yang Park等

从肺腺癌患者肿瘤异种移植物中分离出34个患者源异种移植（PDX）肿瘤细胞。

对单个肿瘤细胞进行单细胞RNA-seq基因表达分析和突变表达分析。 五十个肿瘤特异性单核苷酸变异，包括KRAS（G12D），被观察到在单个PDX细胞中是异质的。

基于KRAS（G12D）突变体表达和代表69个肺腺癌预后基因表达的风险评分的半监督聚类将PDX细胞分为四组。

在体外抗癌药物治疗中存活的PDX细胞显示出与KRAS（G12D）和低风险评分为特征的组一致的转录组特征。从肺腺癌患者肿瘤异种移植物中分离出34个患者源异种移植（PDX）肿瘤细胞。

2017 单细胞测序在肿瘤研究中的应用-以肺癌为例说明了单细胞测序的应用场景

/28835719/

文献基本信息

文ngle-cell sequencing

期刊：Nat Rev Cancer

影响因子：51.848

PMID: 28835719

发表时间：2017

作者： 南加州大学 JamesHicks等

从进一步了解肿瘤内遗传异质性和癌症基因组进化的基本原理到阐明疾病复发和转移的主要控制原理，单细胞测序有望揭示该疾病各个方面的生物学特性。

2018 通过单细胞测序明确非小细胞肺癌中T细胞总体特征

/29942094/

文献基本信息

文章标题: Global characterization of T cells in non-small-cell lung cancer by single-cell sequencing

章标题: Unravelling biology and shifting paradigms in cancer with si

期刊：Nature Medicine

影响因子：30.641

PMID: 29942094

发表时间：2018

作者：北京大学 张泽民等

对来自于14例初治的非小细胞肺癌患者的T细胞进行了单细胞转录组深度测序。

基于谱系示踪的复合表达和T细胞抗原受体结果显示，相当一部分组织内效应T细胞具有高度迁移特性。

肿瘤中存在浸润性CD8+ T细胞，也存在两簇处于耗竭前状态的T细胞，并且“耗竭前”与耗竭T细胞高比值与肺腺癌良好预后密切相关。此外，我们观察到肿瘤调节性T细胞（Treg）存在更多异质性，其特征是：以抗原特异性Treg活化标志物TNFRSF9分析会出现细胞的双峰分布。对活化的肿瘤Treg进行基因标签分析发现，IL-1等表达与肺腺癌不良预后显著相关。

该研究为患者分层提供了新方法，并有助于更深入了解肺癌组织T细胞功能状况和动力学特征。

2018 用空间分辨和多参数单细胞分析方法分析PD-1，LAG-3和TIM-3在人类非小细胞肺癌中的表达及其意义

/31053602/

文献基本信息

文章标题: Expression analysis and significance of PD-1, LAG-3 and TIM-3 in human non-small cell lung cancer using spatially-resolved and multi parametric single-cell analysis

期刊： Res.

影响因子：8.911

PMID:31053602

发表时间：2018

作者：耶鲁大学医学院 KurtA Schalper 等

使用质谱流式细胞术(CyTOF)分析20个切除的NSCLC，作者测定了表达PD-1，LAG-3和TIM-3的免疫细胞的水平，

共表达和功能特征。

测量了接受PD-1轴阻滞剂治疗的患者90个NSCLC中的标记物。结果 在肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）中分别有55%，41.5%和25.3%的病例检测到PD-1，LAG-3和TIM-3。这些标志物相互关联，但与临床病理变量和未进行免疫治疗的患者的生存率无关。这些标志物在EGFR突变的腺癌中较低，并且部分与肿瘤突变负荷有关。

2018 揭示肺癌微环境的构成

/31053602/

文献基本信息

文environment

期刊：nature medicine

影响因子：30.641

PMID:29988129

发表时间：2018

作者：Bernard Thienpont等人比利时鲁汶癌症生物学中心

从基质细胞（stromalcell）亚群、信号通路、关键分子以及肺癌患者生存分析四个层面开展研究。文章的总体课题设计包括了单细胞测序、与常规（bulk）RNA-seq测序结果的比较以及TCGA数据中RNA-seq结果和患者预后的分析。

在单细胞测序部分包括了两个步骤，首先是5位肺癌患者共19个样本，52,698个细胞（癌15，正常4）的单细胞测序

2019 人类和小鼠肺癌的单细胞转录组学揭示了个体和物种中保守的髓样群体

/30979687/

文献基本信息

文章标题: Single-章标题: Phenotype molding of stromal cells in the lung tumor micro

Cell Transcriptomics of Human and Mouse Lung Cancers Reveals Conserved Myeloid Populations across Individuals and Species

期刊：Immunity

影响因子：22.553

PMID:30979687

发表时间：2019

作者： 哈佛医学院系统生物学系Allon MKlein、 Mikael J Pittet等

使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）对非小细胞肺癌患者的TIMs进行定位。发现了25个TIM状态，其中大多数是在患者中可重复发现的。

为了促进这些人群的翻译研究，还对小鼠中的TIMs进行了分析。 通过比较物种间的TIM，发现树突状细胞和单核细胞之间的种群结构几乎完全一致；保守的中性粒细胞亚群； 和巨噬细胞之间的物种差异。 相比之下，患者血液中的骨髓细胞群体结构与TIM的重叠部分有限。这项研究确定了肺TIM的情况，并为将来研究TIM作为免疫治疗靶标的潜力奠定了基础。

2020 单细胞RNA测序揭示了治疗诱导人类肺癌进化

/32822576/

文献基本信息

文章标题: Therapy-Induced Evolution of Human Lung Cancer Revealed by Single-Cell RNA Sequencing

期刊：Cell

影响因子：36.212

PMID:32822576

发表时间：2020

作者： 加州大学旧金山分校 Trever G Bivona等人

在这项研究中，研究人员使用单细胞RNA测序对来自30例患者的49份样本进行了分析，包括45份肺腺癌、1份鳞状细胞癌和3份

癌旁组织样本。所有49份样本中，有15份样品在靶向治疗之前收集，而另一些则在治疗期间或疾病进展时收集，包括14份对靶向治疗有响应的样本以及20份获得性耐药的样本。研究人员共计获得了23,261个单细胞的基因表达谱。

2020 单细胞RNA测序证明转移性肺腺癌的分子和细胞重编程

/32385277/

文献基本信息

文章标题: Single-cell RNA sequencing demonstrates the molecular and cellular reprogramming of metastatic lung adenocarcinoma

期刊：Nat Commun

影响因子：12.121

PMID:32385277

发表时间：2020

作者： 三星健康科学技术研究院健康科学与技术系 Hae-Ock Lee等

晚期转移性癌症提出了最大的临床挑战，并且可能呈现出不同于早期癌症的分子和细胞特征。在此，我们介绍了转移性肺腺癌的单细胞转录组谱分析，这是在所有病例中超过40％在IV期被诊断出的最普遍的组织学肺癌类型。 从44例患者的正常组织或早期至转移癌的208,506个细胞中，我们确定了偏离正常分化轨迹并主导转移期的癌细胞亚型。在所有阶段，基质细胞和免疫细胞的动力学揭示了本体和功能的变化，从而形成了促肿瘤和免疫抑制的微环境。正常的常住骨髓细胞群逐渐被单核细胞衍生的巨噬细胞和树突状细胞所取代，并伴随着T细胞衰竭。这种广泛的单细胞分析增强了我们对转移性肺癌分子和细胞动力学的了解，并揭示了癌症与微环境相互作用的潜在诊断和治疗靶标。

2020 通过循环肿瘤细胞的单细胞测序推断小细胞肺癌的进化和进展

/31113842/

文献基本信息

文章标题：Inferringthe Evolution and Progression of Small-Cell Lung Cancerby Single-Cell Sequencing

of Circulating Tumor Cells

期刊： Res

影响因子：10.107

PMID:31113842

发表时间：2019

作者： 北京大学 Jie Wang等

小细胞肺癌（SCLC）的基因组分析受到肿瘤标本可用性的限制。这项研究旨在调查循环肿瘤细胞（CTC）的单细胞测序是否适合作为推断SCLC进化和进展的方法。

本研究招募了48位连续诊断为SCLC的患者。使用Cell Search系统从每位患者中捕获了四氯化碳。 化疗期间，通过对CTC进行单细胞测序来监测体细胞突变和拷贝数变化（CNA）。

搜索越多越好，挑选那些有公开其单细胞转录组测序数据或者表达量矩阵的，去做降维聚类分群，然后看看肿瘤免疫微环境里面，到底占比最高的亚群是？参考前面的例子：人人都能学会的单细胞聚类分群注释