2024年4月4日发(作者：)

临床分子病理实验室二代基因测序检测专家共识

近年二代基因测序（next—generation sequencing，NGS)技术快速发展,其应用已

进展至临床检测，如遗传疾病、实体肿瘤、血液肿瘤、感染性疾病、人类白细胞抗原分析

及非侵袭性产前筛查等。国内外有关学会已出台相关共识与指南以推动其在临床中的应用。

中华医学会病理学分会和中国抗癌协会肿瘤病理专委会前期组织病理、临床、生物信息等

专家进行了充分讨论，拟在NGS的操作流程、数据处理、结果解读等方面作规范和建议，

以规范NGS在分子病理领域的应用。

临床分子病理实验室NGS样本可采用甲醛固定石蜡包埋组织

(formalin-fixedparaffin—embedded，FFPE）、新鲜组织、各种体液上清液、体液离心

细胞块、石蜡包埋标本和血浆/血液标本等。本共识特色是基于病理评估的组织样本（FFPE、

新鲜）的规范。测序分析范围基于目前临床需求，本共识着重在于目标区域测序（panel）

分析的实践。随着技术的更新和应用的成熟，本共识将持续更新以满足临床需求。

一、实验室总体要求

NGS检测实验室的总体设计与要求应参考《分子病理诊断实验室建设指南(试行）》《医、

疗机构临床基因扩增检验实验室工作导则》、《个体化医学检测质量保证指南》、《肿瘤个体

化治疗检测技术指南》、《个体化医学检测实验室管理办法》、《测序技术的个体化医学检测

应用技术指南（试行)》进行。

1。NGS检测人员的资质要求:NGS检测技术人员应具备临床病理学、分子生物学的相

关专业大专以上学历，并经过NGS技术的理论与技能培训合格。数据分析人员应具有临床

医学或分子生物学或遗传学知识背景并经生物信息学培训。最终报告应由中级或硕士以上

具有病理学背景、经培训合格的本单位执业医师或者授权签字人(医学博士学位或高级职

称）审核。

检测实验室的区域设置要求：原则上NGS实验室应当有以下分区：样本前处

理区、试剂储存和准备区、样本制备区、文库制备区、杂交捕获区/多重PCR区域（第一

扩增区）、文库扩增区（第二扩增区）、文库检测与质控区、测序区、数据存贮区.各工作区

空气及人员流向需要严格按照《医疗机构临床基因扩增检验实验室工作导则》.分区可根据

实际情况合并，但是在前处理和建库时，血液样本应与组织样本分开.

3。NGS检测试剂及项目要求：试剂和测序平台均应选择中国食品药品监督管理总局

（CFDA)认可产品。涉及到实验室自配试剂，应该有严格的试剂制备标准操作规程（SOP），

需经过临床实验室自建项目(LDT)验证合格才可使用。每个NGS检测项目在验证时需要根

据建库方法、测序平台和分析工具以及不同的突变类型包括，单碱基突变single

nucleotidevariant，SNVs、小片段插入或者缺失（Indels）、基因拷贝数变异Copynumber

variations（CNVs）、染色体结构变异，structuralvariation(SVs）以及不同的样本类型（如

FFPE组织、新鲜组织、全血、胸水等)对特定panel的准确性、精确性、敏感性、特异性

等性能参数进行LDT验证。应该有经过标准品测试的在不同的mutant allele frequencies

（MAF）下,不同测序深度的灵敏度及特异性数据，确定不同样本的可信的测序深度。经验

证后，SOP发生的任何改动，包括试剂、仪器、基因项目等都需要重新做验证。验证实验

结果签名留底备案。

4。NGS检测实验室的质量管理要求：NGS检测主要包括实验操作和生物信息学分析

两部分.实验操作部分包括样本准备、文库制备、编码（barcoding）、目标区域富集、测序

等；生物信息学分析部分包括定位（mapping）、比对、变异识别、变异注释、变异解读

及报告等。上述流程均需要建立实验室质量管理体系文件和SOP及机器运行和维护SOP，