真核细胞转录的分子机理——2006年诺贝尔化学奖述评

真核细胞转录的分子机理——2006年诺贝尔化学奖述评


2024年3月20日发(作者:)

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第25巷第1期 北京工商大学学报(自然科学版) 

、 ()1.25 ().1 

2007午1月 Journal of Beijing Technology and Business Universily(NattJral Science!Ecliif ̄)f1) 

J}m 2007 1 

文章编号:1671 1513(2007)01 000I一06 

编者按:2006年第6期,我们约请了三位国内外权成的生物化学专家,就该年度的诺贝尔生理医学奖的内容 

进行了评介。本期,在我们的盛邀下,三位专家再度联合,并携同国内著名发酵工程专家——山东大学的许 

平教授,对该年度的诺贝尔化学奖的内容又进行了评述。现代科学新的科学生长点往往出现在学科的交叉 

地带,从诺贝尔奖诞生以来,诺贝尔化学奖就多次颁发给了物理化学、生物化学等交叉学科的研究成果。本 

届诺贝尔化学奖再次出现在生物化学的前沿,而这恰好又是几位专家熟悉和擅长的研究范围。当代重大的 

科学技术问题都具有高度综合、高度交叉的特点,必须运用多学科的知识和多种技术手段才能解决。我们相 

信,对诺贝尔科学奖获奖成果的追踪评述,对于科学工作者深入地了解该领域的最新成果,启发自己的研究 

思路,在科学大视野的背景下把握现代科学发展的脉搏,培养科学逻辑方法和探索精神,发现科学前沿问题 

并选择恰当的研究方向,都具有有益的借鉴和启示作用。 

真核细胞转录的分子机理 

——

2006年诺贝尔化学奖述评 

李雨民 , 陈 洪 , 刘次全 , 许 平 

(1.中国医学科学院放射所,天津 300192;2.杜克大学美国NC 27708; 

3.中科院昆明动物所,云南昆明 650091;4.山东大学,山东济南 2501 O0) 

摘 要:2006年度诺贝尔化学奖授予了美国斯坦福大学医学院的结构生物学教授科恩伯格,表彰 

他在研究真核细胞转录分子机理方面的贡献.科恩伯格在真核细胞转录调节控制分子机制方面的 

研究中取得了突破性进展.他将现代生物化学技术和结构测定结合起来,在原子水平重建酵母 

RNA聚合酶以及一系列和模板DNA、产物mRNA、底物核酸、调节蛋白功能有关的复合物,从而使 

真核细胞转录的机理得到全面、深刻而清晰的阐述. 

关键词:RNA聚合酶;转录因子;介导子 

中图分类号:Q753;0561 文献标识码:A 

所渭转录就是把储存在DNA里的遗传信息经 

RNA聚合酶活性,从此开辟r有关DNA转录方 

过RNA聚合酶的作用,按照碱基互补原则,合成一 

面的研究领域,这项研究对J:理解多细胞机体的细 

条传递这个信息的RNA,这个RNA被称为信息 

胞分化、发育以及细胞对外界信几 和刺激的反应是 

RNA(mRNA),遗传信息最终通过核糖体RNA 非常重要的.从大鼠肝细咆中提纯RNA聚合酶足 

(rRNA)被翻译成为蛋白质.转录是生命过程中最 

十分 难的,而从大肠杆菌提纯则相对容易, 此 

重要的环节之一,其过程的调节控制是非常精细和 

DNA转录方面的研究就转向从原核细胞入手,并且 

复杂的.细胞对各种各样蛋白质的需要决定了哪些 进行r大量的上作.1965年诺 !尔生理医学奖得 

特定的基因开启、激活并进行转录. 

主雅格布和莫诺所发现的大肠杆荫乳糖操纵子即足 

Weiss等人丁1959年在大鼠肝细胞核里发现 

当时发现的一个基因调控的基本原理,这个调控模 

收稿日期:2006一II一28 

怍 简介:李 民,男,教授,分子生物学家,主要从‘ 骨细咆分 生物学方面的研究;陈洪,男,教授,生物化学、分广生物学博{:,上要 

从‘托DNA突变、核酸药物、超临界CO2方面的研究:刘次全,男,教授,主要从‘ 理沦生物学力‘衙的研 ;I,+ ,教授, 

名发酵工程专家,主要从’_l{=微生物学、发酵工程疗面的研究 

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2 北京工商大学学报(自然科学版) 

型说明,DNA基因遗传信息被转录给了一种特异的 

RNA,不久就证实了这个短寿命的单链信息RNA( 

mRNA)在细胞内的存在. 

1科恩伯格的贡献 

科恩伯格(Roger Kornberg)在斯坦福大学获得 

长期以来,这种在大肠杆菌里发挥作用的基因 

结构、转录机制也适用于所有类型细胞的概念统治 

博士学位以后就到了英国MRC(剑桥大学英国医学 

研究委员会分子生物实验室),与DNA结构的发现 

者,分子生物学的奠基人,诺奖得主克里克(Fracis 

着整个学术界.但是我们知道真核细胞,如酵母和 

人染色体DNA是和蛋白质结合在一起的,先组成 

核小体,再组成染色质,这跟大肠杆菌的结构是根本 

Crick)一起进行有关染色体结构的博士后研究.那 

不同的.真核细胞的转录机制要比大肠杆菌复杂, 

它包括不同水平的调节控制,了解真核细胞的RNA 

聚合酶及其调节机制,即转录水平的调控是研究细 

胞基因表达的重要环节. 

真核细胞具有3种RNA聚合酶(I—III),所有蛋 

白质编码基因的转录都是由RNA聚合酶II完成 

的,因此它成为研究转录调节的主要目标.与细菌 

RNA聚合酶不同,提纯的真核细胞RNA聚合酶并 

不具备转录能力.人们在以后几年持续的工作中, 

证明了RNA聚合酶是由多个亚基组成的,例如大 

肠杆菌RNA聚合酶就由4个核心亚基(a2 ),外 

加一个可变的第5亚基(称为d亚基)组成的,d亚 

基的作用是识别启动子并启动转录.启动子是 

DNA上的一段特殊的核酸序列,RNA转录从这里 

开始.真核细胞中没有发现类似a亚基的因子,因 

此,提纯了的真核细胞RNA聚合酶不能够对DNA 

片段进行转录.真核细胞的转录需要建立一种依赖 

于RNA聚合酶II的无细胞体系,其中含有一种特 

异性的启动转录机制. 

人体组织细胞培养的抽提物与纯化的RNA聚 

合酶II在病毒启动子存在的情况下,可以启动转 

录.用生化方法分离这些抽提物发现了多种RNA 

聚合酶II转录因子的存在,由于这些转录因子实际 

上与所有基因的转录有关,所以曾被称为“通用转录 

因子”(general transcription factors,GTF).GTF是 

由5种成分:TFIIB,D,E,F和H组成的.真核细 

胞在这5个成分的帮助下识别基因的起始位置,将 

双链DNA的模板分开(解链),把它的信息以三磷 

酸核糖碱基三联体的形式复制RNA,然后随着复制 

的进行,前一段分开的DNA再重新结合起来.启动 

子概念最初来源于原核细胞转录研究,但真核细胞 

启动子要比原核细胞启动子范围更大.不久以后又 

鉴定出基因特异性“增强子”元件,即一段结合基因催 

化蛋白的DNA序列,它对于基因转录具有控制作用. 

时,x一线衍射研究证明,染色质是由约100 ̄,大小 

的重复单位组成,以核酸酶作用后的染色质得到的 

都是长度很均一的200个核苷酸的DNA片段,同 

时还有与DNA数目相等的组蛋白H 释放出来.科 

恩伯格根据当时对染色质中组蛋白含有5种相当稳 

定组成成分H1,H2A,H2B,H3,H4,以及他自己的 

实验结果,即在组蛋白H3,H 溶液中都是以四聚体 

(H3)2(H4)2形式存在,首次提出了染色体的“串珠” 

式模型:染色体是由一串串圆珠状核小体组成,核小 

体就是由组蛋白H2A,H2B,H3,H 各两分子组成 

的八聚体,其直径为100 ̄,.双螺旋DNA绕在每个 

核小体的外面,大约1.75周,长度为146核苷酸;两 

个核小体之间的DNA长度为50~60个核苷酸,它 

结合一分子的组蛋白H …. 

科恩伯格回到斯坦福大学以后继续他有关真核 

细胞转录调控的研究,他利用酵母细胞(Saccha— 

romyces ferevisiae)作为模型,建立一个真核细胞转 

录系统 ].他们很快就观察到了这个包括高纯 

RNA聚合酶、通用转录因子TFIIB,E,F,H和 

TATA一结合蛋白(TBP)的无细胞系统只能进行基 

本转录,对加入基因特异性催化蛋白并无反应.这 

个研究导致了介导子(Mediator)的发现,介导子是 

由约为20余个不同蛋白组成的多蛋白复合物[3-4], 

它存在于从酵母到人类的所有真核细胞,其作用是 

将来自与DNA结合的基因特异性转录因子的正负 

信号,传递给RNA聚合酶II和通用转录因子. 

2004年,《细胞》杂志发表了包括科恩伯格在内的46 

位科学家致编辑部的来信,对与转录有关的RNA 

聚合酶II介导子复合物亚基(Mediators)予以统一 

命名.介导子、通用转录因子和RNA聚合酶II是 

真核细胞转录的3个主要构成成分,而细菌转录的 

基因调节序列、催化蛋白都直接与RNA聚合酶相 

联,并与启动子结合,见图1(a).真核细胞的染色质 

与介导子在基因特异性转录因子和RNA聚合酶之 

间组成一个新的调节层次,从而使得转录调节更为 

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第25卷第1期 伞雨民等:真核细咆转录的分子机理 

复杂.但是,即使认识r真核细咆所有的与转录有 

关的蛋白质以后,我们所能描绘的参与这个过程的 

各种分子,只是不同的球型多肽链组装在一起的一 

个模型,见图1(b). 

基凶州 列 

催化等 RNA聚合酶 

— 

催化蛋白 

通』II}々录幽千 

酶 

=== 

(a)细 

摹因渊节j3-:++Jl 扁动了 

结 

动子 开始 

(b)真核细胞 

I l 真核细f}包和细菌RNA聚台酶复台物结构的异同 

1993年Kim J.I .等人用x一线晶体学方法解 

释了TATA结合蛋白(TBP)与一条TATA—DNA序 

由J:酵母和动物细胞之间RNA聚合酶II的高 

度同源性,因此这个模型可以用r解释包括人类的 

痧 

列复合物的结构,也搞清楚了TFIIB、TBP、DNA二 

 一h 

多亚基真核细胞RNA聚合酶的行为.科恩伯格实 

验室以后发表的十几篇有关RNA聚合酶晶体结构 重复合物的结构.这虽然提供厂启动子识别的部分 

A 

信息,但对于整个转录机制的理解还是远远不够的. 

导蛋. 

^口 

的论文详细描述r不同的DNA、RNA、核苷酸和其 

科恩伯格很早就意识到RNA聚合酶应该是格个真 

核细咆转录机制的平台,但是酵母RNA聚合酶II 

分子很大(它具有12个亚基,500KDa),能够提纯的 

复合物的获得量既少又不稳定,进行晶体结构研究 

十分困难,丁是他采用电子显微镜和x一线晶体学结 

 一一 

他蛋白质功能复合物,以及动态转录过程.图2中, 

可以清晰地看到在DNA双螺旋其中一条链的3’突 

出端,以及RNA复合物的延伸,转录聚合酶分子扣 

庄一个核糖核苷酸停留住模板的特异性部位.这样 

的结构图说明了加入核苷酸之后DNA—RNA杂交 

合的方法最终解决了这个问题.其实这是1983年, 

科恩伯格建立的一种蛋白质纯化的方法,即住脂的 

表面上形成二维蛋白结晶,并用电子显微镜观察了 

这个二维蛋白结晶结构l5 J.另外一个重要的前提就 

足如上所述,要建立体外转录系统.2001年,他们 

实验室获得r突破性进展:以2.8A的分辨率描述 

了10~哑基RNA聚合酶结构以及包括RNA聚合 

酶、模板DNA和RNA产物的延伸_61 J.在这个结 

构中,两个最大的亚基位丁明显的核酸结合裂隙中 

央的两侧,而其他小的哑基住外围,并在裂隙上形成 

链的位移发生之前,RNA链3 端和引入的核糖核苷 

酸磷酸二酯键形成的分子状况.他们住最近发表的 

转录复合物晶体结构图中,显示r位J:链木端3 一脱 

氧腺苷酸处,RNA聚合酶与15一核苷酸DNA和9一 

互补核苷酸一RNA相互结合的图像.这个复合物的 

引入并未被占据核苷酸结合部位,说明r DNA一 

RNA杂交链的位移发生之后,核苷酸仍可进行下一 

操作[8一 

. 

2 位移 

科恩伯恪所做的x一射线 显示:酵母RNA聚 

合酶晶体结构的这个螺旋桥是直线型的,而细菌的 

足弯曲的,直线和弯曲之间空隙刚好使DNA—RNA 

杂交链移动3A或一个核苷酸悌级.这种结构已经 

被后来生物化学和基因学的研究所证实.DNA— 

RNA杂交螺旋住转录时的位移与前述核酸结合裂 

隙上形成的a一螺旋桥有关,它像一个防止倒转的齿 

轮,使已经形成的杂交链只能向前位移. 

座a一螺旋桥,它通过磷酸二脂键活性部位的构成 

和RNA链的延伸将两个最大的亚基连接起来(图 

2). 

3 链的分离 

位恩伯格的研究还指川位移以后的结构 ]: 

纠2 RNA聚合酶Ⅱ转录复台物结构 

RNA聚合酶处的 状环如何从DNA模板的一8位 

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4 北京工商大学学报(自然科学版) 

分离,并形成新的RNA链,从而导致两个链在一9和一 

10位完全分离.最后一个核苷酸加在RNA链的一1 

转录因子、介导子形成更大的功能复合物,它们的结 

构研究是_r解真核细胞转录调控的关键.科恩伯格 

位.RNA聚合酶处的帽状环和两个蛋白质环可以 

防止RNA和DNA链的再聚合(图3). 

在这一方面进行了第一步工作:2004年他已经确定 

了通用转录 子TFIIB与RNA聚合酶II复合物的 

晶体结构,获得了分辨率为4.5A结构图像[ ].在 

特定条件下,TFIIB和TBP可以与RNA聚合酶、 

4核苷酸的选择 

三磷酸核苷通过一个开放漏斗扩散到RNA聚 

DNA形成启动复合物,它的晶体结构说明 转录启 

动的机制.虽然只有一个TFIIB C一木端域的a一螺旋 

合酶活性中心,然后被催化合成转录复合物,这个过 

程与RNA聚合酶活性部位如何选择性地加入核苷 

区在复合晶体图上可以清晰分辨,但使得以前确定 

酸有关.核苷酸的选择通过两级机制完成:如果加 

的TFIIB—TBP—DNA复合物的晶体结构得到了证 

入的核苷酸与DNA模板上的碱基匹配,在RNA聚 

实.TBP使TATA序列弯曲,从而把整个DNA下 

合酶2一金属离子催化下,可以形成磷酸二酯键;如 

游弯曲过来,形成转录复合物,见图1(b).DNA这 

果不匹配,则导致DNA—RNA杂交链的扰动,重新 

样的弯曲正好适合RNA聚合酶,大约25个核苷酸 

进行碱基选择. 

TATA序列与转录起始部位的空间需求,也就是 

RNA聚合酶Ⅱ启动子的典型空间.这个模型可以 

5启动子识别,启动异常终止以及启 

解释转录异常终止以及启动子缺失形成的各种行 

动子缺失 

为:前者表现为核苷酸残基增长10个后转录失败, 

后者则是在合成10个左右RNA核苷酸残基后,正 

RNA聚合酶Ⅱ的结构确定对于理解转录机制 在转录的RNA聚合酶从启动子处脱离. 

是十分重要的,在此基础上RNA聚合酶II与通用 

秽.新形成的RNA链 

r| ^I, 一最末的核苷酸 

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V 藏 蕊 焦 DNA模板 

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爻 二^^^  爻姜。 非 供做瞪NA模板链 

fb) 

(a)X.线衍射及电子密度复合图 (b)DNA和RNA在转录复合物中的序列示意图 

图3 RNA聚合酶Ⅱ转录复合物结构中的DNA和RNA 

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第25卷第1期 李雨民等:真核细胞转录的分子机理 5 

才能使模板链进入RNA聚合酶活性部位裂隙中. 

6 RNA聚合酶启动复合物 

科恩伯格和他的同事们将晶体x一线衍射研究 

与电子显微镜电子密度成像结合起来,给出了包括 

5个通用转录因子的转录启动复合物的模型l7 J,其 

中最值得注意的就是,只有当DNA双螺旋解链后, 

RNA聚合酶Ⅱ一介导子复合物电子显微镜影像显 

示,介导子如同新月状结构包裹聚合酶.介导子是 

由大约20个多肽组成的,它的分子量为1 000 KDa, 

对于它的结构的研究十分困难,但是最近有报告称, 

已经将功能性介导子头部纯化,它包括7个亚基,分 

子量为223 KDa.介导子头与RNA聚合酶Ⅱ之间 

RNA聚合酶才能与DNA相结合,此时所有的5个 

通用转录因子直接与双链DNA启动子结合,如图 

4.DNA双螺旋解链使得DNA模板弯曲90。,这样 

的相互作用需要转录因子TFIIF的存在,但是,要 

了解介导子作用的整个分子机制,仍需要扩展包括 

介导子复合物在内的聚合酶晶体结构的研究. 

(a)启动复合物模捌 

(b)分解示意I_l={ 

TFIIF的3。2位亚基相当于细菌的。亚基 

图4 RNA聚合酶启动复合物模型及分解示意图 

目前临床治疗发展的重要方面.转录调节机制的研 

7结束语 

科恩伯格对真核细胞转录的研究结果使我们首 

次在分子水平理解了启动子识别,加入核苷酸之后 

DNA—RNA杂交链的位移,新的RNA合成链从 

DNA模板的分离,以及准确选择引入的与DNA模 

究对于生物起源、生物进化、细胞分裂、生理代谢将 

有重要的理论意义. 

参考文献 

[1]Kornberg R D.Chromatin structure:a repeating unit of 

histones and DNA[J].Science,1974(184):868—871. 

[2]lnei N F,Kornberg R D.Accurate initiation at RNA 

polymerase II promoters in extracts from Saccharomyces 

板互补的核糖核苷酸结构的机制.RNA聚合酶II 

结构的确定对于进一步研究在转录调控中通用转录 

因子和介导子的精确作用大有裨益.他们已经报告 

了RNA聚合酶和通用转录因子TFIIB,以及其他通 

用转录因子和介导子之间复合物的x一线晶体电子 

cerevisiae[J].Proc Natl Acad Sci(USA),1987(84): 

8839—8843. 

显微镜复合图.转录调节的分子机理的最终揭示, 

需要完整的高分辨x一线晶体结构研究,这是一项非 

常重要的研究,因为转录调节发生异常,会直接导致 

[3]KelleherⅢR J,Flanagan P M,Kornberg R D.A novel 

mediator between activator proteins and the RNA poly— 

merase II transcription apparatus[J].Cell,1990(61): 

1209—1215. 

癌症、炎症、心脏病以及代谢病的发生.转录调节同 

时也控制着干细胞发育成不同器官的特定功能细 

胞,如果利用干细胞移植来治疗疾病,那么首先就要 

使干细胞只向临床需要的细胞类型发育,而这正是 

[4]Kim Y J,Bjorklund S,IA Y,et a1.A muhiprotein me— 

diator of transcriptional activation and its interaction with 

the C-terminal repeat domain of RNA polymerase II[J]. 

Cell,1994(77):599—608. 

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6 北京工商大学学报(自然科学版) 

Uzgiris E E,Kornberg R D.Two—dimensional crystal— 

2007年1月 

basis of transcription:Separation of RNA from DNA by 

lization technique for imaging acromolecules,with an ap— 

RNA polymerase II[J].Science,2004(303):1014— 

1016. 

plication to antigen—antibody—complement complexes[J]. 

Nature,1983(301):125—129. 

Cramer P,Bushnell D A,Kornberg R D.Structural basis 

Westover K D,Bushnell D A,Kornberg R D.Structural 

basis of transcription:Nucleotide selection by rotation in 

of transcription:RNA polymerase 1I at 2.8 fingstrom 

the RNA polymerase 1I active center[J].Cell,2004 

(119):481—489. 

resolution[J].Science,2001(292):1863—1876. 

Gnatt A I ,Cramer P,Fu J,et a1.Structural basis of 

transcription:An RNA polymerase I I elongation complex 

[10]Bushnell D A,Cramer P,Kornberg R I).Structural ba— 

sjs of transcription:a—amanitin—RNA polymerase 1I 

at 3.3A remlution[J].Science,2001(292):1876— 

1882. 

cocrystal at 2.8A remlution[J].Proc Natl Acad Sci 

(USA),2002(99):1218—1222. 

[8]Westover K D,Bushnell D A,Kornberg R D.Structural 

MOLECULAR MECHANISM OF TRANSCRIPTION 

IN EUKARYOTIC CELL 

I.I Yu—min , CHEN Hong , I.IU Ci—quan。

XU Ping 

(1.Inst.Radiation Med.,Chinese Acad.Med.Sci.,Tia in 300192,China; 

2.Duke University,NC 27708,USA;3.Chinese Academy ofScience,Kunming Animal Institute, 

Kunming 650091,China;4.Shangdong University,Jinan 250100,China) 

Abstract:The Chemistry Nobel Prize in 2006 is awarded by Roger Kornberg for his fundamental stud— 

ies of the molecular basis of eukaryotic DNA transcription.Kornberg has made breakthrough progress 

in the molecular understanding of the transcription and its regulation in eukaryotic cells.His work—the 

combination of advanced biochemical techniques with structural determinations has enabled the atomic 

level reconstruction of RNA polymerase from yeast in isolation as well as in a number of functionally 

relevant complexes with template DNA,product mRNA,substrate nucleotides and regulatory pro— 

teins 

Key words:RNA polymerase;eukaryotic DNA transcription;mediators 

(责任编辑:叶红波) 


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