CHIP-seq流程学习笔记(4)-call peak 软件macs2

参考文章: MACS2 Call Peak 参数详细学习 用MACS2软件call peaks MACS2为ATAC-seq callpeak 1. 软件说明: macs2 callpeak --helpusage: macs2

参考文章:

MACS2 Call Peak 参数详细学习

用MACS2软件call peaks

MACS2为ATAC-seq callpeak

1. 软件说明:

macs2 callpeak --help
usage: macs2 callpeak -t TFILE     # treat组
                      [-c [CFILE]] # control 或 mock(非特异性抗体,如IgG)组
                                   # control:input DNA,没有经过免疫共沉淀处理;
                                   # mock:1)未使用抗体富集与蛋白结合的DNA片段;2)非特异性抗体,如IgG
                      [-f]         # MACS2读入文件格式,默认自动检测输入文件格式
                      [-g GSIZE]   # 有效基因组大小(可比对基因组大小),人类hs,小鼠mm
                      [-s TSIZE]   # 测序读长;如果不设定,MACS 利用输入的前10个序列自动检测
                      [--outdir OUTDIR] # MACS2结果文件保存路径
                      [-n NAME]    # 为MACS2输出文件命名
                      [-B]  # 保留the fragment pileup, control lambda, -log10pvalue 和 -log10qvalue scores到bedGraph 文件。             
                      [-q QVALUE | -p PVALUE] # qvalue (minimum FDR)设定call significant regions的阈值;
                                              # 默认,0.01,对于 broad marks(组蛋白修饰的chipseq),可以使用0.05;
                                              # Q-values are calculated from p-values using Benjamini-Hochberg procedure.
                                              

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