2024年4月25日发(作者：)
北京博莱明创生物技术有限公司
EST分析手册
第一部分：EST分析流程的介绍
EST Analysis Flow
Sequencing
base-
calling
phred
Raw ESTs
Data
masking vector,
repeats
Clean ESTs
Data
sequence,
etc
b
l
y
e
m
s
s
,
A
r
i
n
g
e
t
s
C
l
u
Expression
Profile Analysis
Signal
Peptide
ORF
Finding
Unigenes
Transmembrane
Functional AnnotationFunctional Classification
NTNR
Swiss
-Prot
KEGG
COGInterproGO
上面的流程图为我们进行EST分析的流程图，下面我们对流程进行一下介绍，后面的第二部
分为分析结果的介绍：
注：上面的流程图为关于EST相关分析的一个介绍，我们会根据项目的不同，做一些调整，
有些分析可能不能做，也做不到。有些分析需要的计算资源很大，如Interpro&GO分析，需
要很长的时间，我们一般在一个文库全部完成后才进行分析，或用其他分析代替。
1．测序
EST数据可以从5’和3’两个方向进行测序，可以根据不同的实验目的选择测序方向。
mRNA
AAAAA
AUG
ExonIntron
UTR
5’端测序
测序方向的选择
3’端测序
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不同方向测序的优点：
5’端测序：更有利于得到全长的cDNA序列，有助于研究基因表达的多样性。
3’端测序：有助于得到基因的特异性区域，为STS、SAGE、Microarray提供序列资源。
2．EST数据预处理过程
(1)Basecalling将序列的峰图从测序仪中提取出来。常见的峰图文件有SCF和AB1格式,
可以在windows用Chromas下打开
Chromas在windows下打开峰图文件
(2)将峰图文件转化成phd,fasta文件，并去除序列中的低质量区域。
A．峰图文件转化成phd文件，并去除序列中的低质量区域。
B．将phd文件转化成fasta文件。
(3)屏蔽序列中的载体序列
软件：cross_match
(4)去除嵌合（chimeric）的克隆序列
软件：perlchimeric_–s序列文件–q质量文件–ns新的序列文件–nq新
的质量文件
说明：嵌合（chimeric）的克隆是在文库构建过程的反应中产生的，其序列特征表现为，序
列的中间有很长的polyA序列，或载体序列，其形式如下：
>Back-to-backpoly(A)+tails
AAAGCTGGAGCTCACCGCGGTGGCGGCCGCTCTAGAACTAGTGGATCCCCCGGGCTGCAGGAATTCGAATTCGAAT
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