2024年3月15日发(作者：)
构建系统发育树需要注意的几个问题
1 相似与同源的区别：只有当序列是从一个先人进化不合而来时，它们才是同源
的。
2 序列和片段可能会彼此相似，可是有些相似却不是因为进化关系或生物学功能
相近的缘故，序列组成特异或含有片段重复或许是最明显的例子；再确实是非特
异性序列相似。
3 系统发育树法：物种间的相似性和不同性能够被用来推断进化关系。
4 自然界中的分类系统是武断的，也确实是说，没有一个标准的不同衡量方式来
概念种、属、科或目。
5 枝长能够用来表示类间的真实进化距离。
6 重要的是明白得系统发育分析中的计算能力的限制。任何构树的实验目的大体
上确实是从许多不正确的树中挑选正确的树。
7 没有一种方式能够保证一颗系统发育树必然代表了真实进化途径。但是，有些
方式能够检测系统发育树检测的靠得住性。第一，若是用不同方式构建树能取得
一样的结果，这能够专门好的证明该树是可信的；第二，数据能够被从头取样
(bootstrap)，来检测他们统计上的重要性。
分子进化研究的大体方式
关于进化研究，要紧通过构建系统发育进程有助于通过物种间隐含的种系关
系揭露进化动力的实质。
表型的(phenetic)和遗传的(cladistic)数据有着明显不同。Sneath和
Sokal(1973)将表型性关系概念为依照物体一组表型性状所取得的相似性，而遗
传性关系含有先人的信息，因此可用于研究进化的途径。这两种关系可用于系统
进化树(phylogenetictree)或树状图(dendrogram)来表示。表型分枝图
(phenogram)和进化分枝图(cladogram)两个术语已用于表示别离依照表型性
的和遗传性的关系所成立的关系树。进化分枝图能够显示事件或类群间的进化时
刻，而表型分枝图那么不需要时刻概念。文献中，更多地是利用“系统进化树”
一词来表示进化的途径，另外还有系统发育树、物种树(species tree)、基因树
等等一些相同或含义略有不同的名称。
系统进化树分有根(rooted)和无根(unrooted)树。有根树反映了树上物种或
基因的时刻顺序，而无根树只反映分类单元之间的距离而不涉及谁是谁的先人问
题。
用于构建系统进化树的数据有二种类型：一种是特点数据(character data)，
它提供了基因、个体、群体或物种的信息；二是距离数据(distance data)或相似
性数据(similarity data)，它涉及的那么是成对基因、个体、群体或物种的信息。
距离数据可由特点数据计算取得，但反过来那么不行。这些数据能够矩阵的形式
表达。距离矩阵(distance matrix)是在计算取得的距离数据基础上取得的，距离
的计算整体上是要依据必然的遗传模型，并能够表示出两个分类单位间的转变量。
系统进化树的构建质量依托于距离估算的准确性。
一．clustal X建树
1) 打开clustal X，载入上述序列，“load sequences”→“output format
options”：
NUMBERS:ON;
ALIGNMENT PARAMETERS:
“RESET NEW GAPS BEFOR ALIGNMENT”
“CLASTAL FORMAT”; CLASTAL SEQUENCES
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