2024年3月15日发(作者：)
系统发育树主要的四种构建方法
系统发育树（PhylogeneticTree）是生物学中最重要的概念之
一，代表着物种的演变和发展关系，因此在基因组学、进化生物学
等领域被广泛使用。系统发育树以树状结构来组织物种之间的关
系，这种结构形象地描绘了物种发展演化脉络，以及物种之间的亲
缘关系。通常情况下，系统发育树构建通过收集系统发育记录内
容，通过分析物种间的相似性和距离，将这些信息映射到一个空
间，以构建一个描述系统发育关系的树状结构。本文将介绍构建系
统发育树的四种主要方法，并结合实例详细说明其原理、优缺点。
第一种方法是基于分支的构建方法。该方法的原理是从物种之
间的共有特性出发，基于一组物种形态上的关系构建树。该方法对
物种之间的亲缘关系比较友好，但是它忽略了物种之间的根源关
系，无法从真实的物种演化关系中考虑更多的信息。以拟南芥
（Arabidopsis thaliana）为例，其系统发育树利用了分支的构建
方法，以体内的形态特征（如叶片的外形）为基础，把它与附近的
物种进行比较，得到了拟南芥系统发育树的结构。
第二种方法是基于遗传标志物的构建方法。在这种方法中，研
究者采集物种的遗传标志物，包括核酸序列和蛋白质序列等，然后
从遗传标志物间的相似性出发，计算出物种之间的进化距离，最后
构建系统发育树。此外，通过分析核酸序列的变异情况，也可以得
到更准确的系统发育树。以海岸铃声花（Lobelia cardinalis）为
例，在其系统发育树的构建中，研究者采集了它的核酸序列、蛋白
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质序列，并与附近的物种进行比较，分析其遗传标志物的相似性，
从而得到了海岸铃声花系统发育树的结构。
第三种方法是基于表型特征的构建方法。表型特征是物种形态
上可以观察到的特征，而表型比较可以帮助我们更好地分析物种间
的进化距离，为物种系统发育树的构建提供依据。以金星兰
（Phalaenopsis amabilis）为例，其系统发育树利用了表型特征的
构建方法，以金星兰的叶片形态等特征，与附近的物种进行比较，
从而得到了金星兰的系统发育树结构。
第四种方法是基于标度的构建方法。标度是指一种统计模型，
研究者通过计算物种之间共有特性的标度值，从而得到物种之间进
化距离的大小，最后把他们按照树状结构进行组织，构成系统发育
树。以紫堇（Papaver somniferum）为例，其系统发育树由研究者
利用标度的构建方法构建而成，他们收集了紫堇的形态特征，并利
用标度计算出附近物种的相似性，最后得到了紫堇的系统发育树结
构。
以上就是系统发育树主要的四种构建方法，分别是：基于分支
的构建方法、基于遗传标志物的构建方法、基于表型特征的构建方
法和基于标度的构建方法。这四种构建方法各有优劣，可以根据实
际情况选择合适的构建方法，从而实现准确的系统发育树构建。
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