2024年2月23日发(作者：)

《Perl语言入门实战习题》一、计算FASTA文件中每条序列的长度；输入文件，FASTA格式：注：如果输入文件在输出文件：windows下产生，在Linux系统下操作时，宜先用dos2unix处理：用法：dos2unix 输入文件Perl代码：#!/usr/bin/perl -w

use strict;

unless (@ARGV==2) {

}

my ($infile,$outfile) = @ARGV; # 把命令行参数赋值给输入文件和输出文件 # 打开输入文件句柄OUTINopen IN,$infile || die"error: can't open infile: $infile";open OUT,">$outfile" || die$!; # 打开输出文件句柄$/=">";; # 设置输入记录分隔符为# @ARGV 传给脚本的命令行参数列表# 当命令行参数不是2的时候输出使用说明die"Usage: perl $0 <> <>n";

”>”，并去除第一个”>”while ( my $seq = ){ # 把序列ID行和序列赋值给$seq

my $id = $1 if($seq =~ /^(S+)/); # 获取序列ID

chomp $seq; # 去掉末尾的”>”$seq =~ s/^.+?n//; # 删除第一行$seq =~ s/s//g; # 删除序列中的空白字符my $len = length($seq); # 计算序列长度print OUT "$idt$lenn"; # 输出结果到输出文件}

$/="n"; # 把输入记录分隔符改为默认值close IN; # 关闭输入文件句柄close OUT; # 关闭输出文件句柄二、计算FASTA文件中每条序列的输入文件同上，输出文件：GC含量；Perl代码：#!/usr/bin/perl -w

use strict;

unless (@ARGV==2) {# @ARGV

}

my ($infile,$outfile) = @ARGV;# 把命令行参数赋值给输入文件和输出文件# 打开输入文件句柄OUT$_，$_= 可以省略不写INopen IN,$infile || die"error: can't open infile: $infile";open OUT,">$outfile" || die$!;# 打开输出文件句柄$/=">";;# 设置输入记录分隔符为传给脚本的命令行参数列表2的时候输出使用说明die"Usage: perl $0 <> <>n";# 当命令行参数不是”>”，并去除第一个”>”while (){# $_=，把序列ID行和序列赋值给my $id = $1 if(/^(S+)/);# 获取序列ID

chomp; # 去掉末尾的”>”s/^.+?n//;# 删除第一行s/s//g; # 删除序列中的空白字符my $GC = (tr/GC/GC/);#计算G或C碱基个数my $AT = (tr/AT/AT/);#计算A或T碱基个数my $len = $GC + $AT;# 计算序列非N长度my $gc_cont = $len ? $GC / $len : 0; #计算GC含量，如果长度为print OUT "$idt$gc_contn"; # 输出结果到输出文件}

$/="n";# 把输入记录分隔符改为默认值close IN; # 关闭输入文件句柄close OUT;# 关闭输出文件句柄0，GC含量算0

三、求反相互补序列；输入文件同上，输出文件也是Perl代码：#!/usr/bin/perl -w

use strict;

unless (@ARGV==2) {# @ARGV

}

my ($infile,$outfile) = @ARGV;# 把命令行参数赋值给输入文件和输出文件# 打开输入文件句柄OUT$_，$_= 可以省略不写INopen IN,$infile || die"error: can't open infile: $infile";open OUT,">$outfile" || die$!;# 打开输出文件句柄$/=">";;# 设置输入记录分隔符为传给脚本的命令行参数列表2的时候输出使用说明die"Usage: perl $0 <> <>n";# 当命令行参数不是FASTA格式”>”，并去除第一个”>”while (){# $_=，把序列ID行和序列赋值给my $id = $1 if(/^(S+)/);# 获取序列ID

chomp; # 去掉末尾的”>”s/^.+?n//;# 删除第一行s/s//g; # 删除序列中的空白字符$_ = reverse $_; # 序列方向tr/ATCG/TAGC/; # 序列互补print OUT ">$idn",$_,"n";

}

$/="n";# 把输入记录分隔符改为默认值close IN; # 关闭输入文件句柄close OUT;# 关闭输出文件句柄四、列表信息整合；输入列表1：序列长度文件# 输出结果到输出文件输入文件2：序列测序覆盖深度文件输出文件：把上述两个列表的信息整合成一个列表，并且最后一行给出汇总结果：

Perl代码#!/usr/bin/perl -w

use strict;

(@ARGV==3) || die"Usage: perl $0 <>n";

# 当命令行参数不是3的时候输出使用说明1、输入文件2和输出文件my ($infile1,$infile2,$outfile) = @ARGV;

# 把命令行参数赋值给输入文件my %id_len; # 定义一个哈希open IN1,$infile1 || die$!; # 打开第一个文件句柄while(){

my ($id,$len) = split /s+/,$_; # split函数用空白符号切割每一行的内容$id_len{$id} = $len; # 哈希赋值：id => length}

close IN1; # 关闭第一个文件句柄open IN2,$infile2 || die$!; # 打开第2个文件句柄open OUT,">$outfile" || die$!; # 打开输出文件句柄my $tol_len = 0; # 定义总长度变量，并赋值为my $tol_depth = 0; # 定义总深度变量，并赋值为while (){

my ($id,$depth) = split; # split函数用空白符号切割每一行的内容my $len = $id_len{$id}; # 序列长度print OUT join("t",$id,$len,$depth),"n";

$tol_len += $len; # 长度累加$tol_depth += $len * $depth; # 深度累加}

$tol_depth /= $tol_len; # 计算总体平均深度print OUT "Totalt$tol_lent$tol_depthn";close IN2; # 关闭第二个输入文件句柄close OUT; # 关闭输出文件句柄 # 输出汇总结果到输出文件# 输出整合信息到输出文件00五、串流程；Perl在工作中常用于串流程，现有同事写了成最终的：第1步：perl output1

第2步：perl output2

第3步：perl output1 output2

3个perl脚本分三步将输入文件，处理

为提高工作效率，现需要写一个脚本使用间产生的文件结果不保留。#!/usr/bin/perl -w

use strict;

unless (@ARGV==2) {# @ARGV

}

my ($infile,$outfile) = @ARGV; 作为输入文件，直接得到，中传给脚本的命令行参数列表# 当命令行参数不是2的时候输出使用说明die"Usage: perl $0 <>n";# 把命令行参数赋值给输入文件和输出文件my $temp_file = “temp.$$”; # 临时文件，$$为进程号，这样可以保证文件名字的唯一性system“perl $infile $temp.1

perl $infle $temp.2

perl $temp.1 $temp.2 $outfile

rm $temp.1 $temp.2”#使用system调用3个perl脚本进行处理