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批量开发SSR标记软件:MISA的介绍
Posted on 12 五月 2009 by 柳城 ，阅读 605 简洁版
MISA工具提供批量识别和定位简单重复序列(SSR)，EST序列或是基因组序列都可以。另外，还提供一个与批量设计引物Primer3的接口工具，通过这个工具，可以把MISA识别出来的SSR，转为Primer3需要的格式，从而方便批量设计引物。
网址：/misa/
注：要运行MISA，首先要确保已经装了Perl
下面分别介绍一下几个工具(.pl是perl文件的后缀名)：
1，
用法：perl
FastaFile是放序列的一个文件名，全路径，注意不要有中文名或空格。Fasta格式。
另外配套一起的还有一个文件，这是一个配置文件，设置识别SSR标记的标准。注意路径。路径错了就会提示错误，找不到该文件。
2，est_
这是对EST序列而言的，可以去除EST序列中短的序列和两端不明确的碱基。
用法（例子）：perl est_ ESTs -amb=2,50 -tr5=T,5,50 -tr3=A,5,50 -cut=100,700
3，Primer3 的接口工具
p3_ - 创建 Primer3的输入文件。
用法：perl p3_ <>
p3_ - 解析Primer3设计引物后的输出文件。
用法：p3_
注：文件是MISA的输出文件
FASTAfile.p3out是primer3的输出文件
大概就是这些，很不错的软件。具体问题具体分析，一些细节问题这里就不讲了。需要的话就琢磨琢磨。
本文详细出处参考：/457/
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F:>perl p3_
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